VERTER, для FLAC удобный инструмент FLACdrop
Для APE - Monkey's Audio
Универсальный вариант Easy CD-DA Extractor.
Замечу, что в любом варианте распаковывать нужно не файл cue, а сам образ.
Кстати Easy CD-DA Extractor может записать диск и без предварительной распаковки в wav используя свои встроенные кодеки . Ему нужен для работы лишь файл cue - все остальное сделает сам.
По моему самый простой вариант для начинающего.
__________________ Кто ничего не ждёт, никогда не будет разочарован. Эрих Мария Ремарк