mp3kiler,
тебе надо сделать всего три вещи:
1) Сделать cue-файл.
2) По cue-файлу разрезать (или сконвертировать) flac image во flac tracks.
3) Выбрать интересующий трек и сохранить отдельно.
Навряд ли найдется программа, которая может читать твои мысли и вытягивать нужный тебе трек (какой???) из имиджа одним нажатием.