Имея в коллекции таких исполнителей с малоизвестными именами Валерий Гогин, Владимир Волков, Саша Боцман нельзя говорить о полноценной Коллекции
Если исполнитель никогда не записывался в студии и не был "запечатлён" на мастер-матрице (glass master, используемой для массового тиражирования CD), то фирменный (официальный) CD в классическом смысле просто не может существовать. Официальные релизы требуют профессиональной студийной записи, сведения и мастеринга, после чего создаётся мастер-матрица для фабричного производства дисков - без этого любой "CD" будет бутлегом, домашней записью или пиратской копией.
В случае с ATRAC и MiniDisc (особенно пиратскими копиями) это усиливает вероятность транскодирования: исходный lossy-формат ATRAC (с артефактами вроде неровного среза на 18–20 kHz и шумов) при копировании на CD или в файл может "очиститься" в спектограмме, но потеряет детали на максимуме, добавив искажения - это имитирует DAW-редактирование, но указывает на неоригинальный источник.
Выкинуть такие CD? Дело конечно хозяйское. Может быть не оправдано...
Выкидывать такие CD или нет - ваше решение, и оно зависит от того, что для вас важнее: аутентичность, качество звука или просто наличие музыки. Если вы коллекционер или цените lossless-качество, то да, имеет смысл заменить на лучшие источники (например, рипы с винила или цифровые ремастеры, если они есть), чтобы избежать разочарования от искажений при внимательном слушании; в конце концов, такие диски часто бывают "одноразовыми" и не стоят места на полке. Только пыль собирать, если только.
По честному то... купили и может один раз прослушали на перемотке

Другое дело, коллекция например Бобровича - это винил, он этим живёт.
Сначала скачивает в интернете, потом внимательно слушает и собирает денежку на проверенное издание.